После вступительных слов пора переходить к делу. Собственно, начало каждого года заставляет задуматься, оглянуться назад и решить, насколько все сделанное в предыдущем году отвечает вашим требованиям (пожеланиям и т.п...).
Что касается меня, то я как раз собираюсь этим заняться. Более того, пользуясь тем, что данный дневник только появился, можно будет сделать своеобразный экскурс на 2-3 года назад - наверно до начала окончания института. Возможно, разобравшись с динамикой моих успехов/неудач, получится найти решение, позволяющее работать в будущем еще продуктивнее, все лучше и лучше... (пока крылья не вырастут совсем) :-)
В общем, начнем с конца - конец 2006 выдался довольно удачным (хотя все равно не таким, как хотелось бы). Напряженная работа после летнего отпуска, позволила:
-более менее довести до ума систему белковых фьюжнов (названных D1HTH, CBD и HPML), направленную на улучшение экспрессии белков в бактериях и подтверждение взаимодействий между ними;
-неожиданно подтвердить 5 из 8 взаимодействий, идентифицированных ранее в YTH, во фрагменте интерактома млекопитающих, включающего в себя белок "хампин" (hampin).
-сделать нормальные картинки по ко-локализации двух партнеров хампина в клеточном ядре - для белков TTC4 & NOP17 (последний вовсе не ядрышковый - в отличие от дрожжевого гомолога!).
НЕ ПОЛУЧИЛОСЬ:
-подтвердить функционально какие-либо взаимодействия (т.е выяснить их функциональную роль). Все гипотезы (будут изложены позднее, возможно) предусматривали использование метода нокдауна с помощью siRNA, но... как раз это-то и не получилось;
-система фьюжн-белков оказалась не очень пригодной для подтверждения взаимодействия hampin-MYST1, по-видимости, из-за не очень хорошей растворимости CBD (кальмодулин-связывающий домен Са-АТФазы hPMCA4b), - отвратительное свойство - я использовал его как N-концевой фьюжн, но есть основания полагать, что аналогично будет и использованием С-концевого фьюжна;
это неприятно, т.к. изначально систему планировалось сделать очень хорошей и опубликовать отдельную статью по ней, но... теперь совесть не позволит, по крайней мере, в случае CBD.
-часть белков (из фрагмента интерактома с хампином) не удалось экспрессировать в бактериях; в принципе, это возможно, - но не обязательно в отсутствие финансирования;
Итог:
Все не так плохо. Несколько грустно, что это мои последние работы по теме "хампин", но... полученного материала должно и так хватить на диссертацию (обсудим в следующих постах). Так или иначе, цели, поставленные в первоначальном проекте РФФИ по хампину, выполнены на 100%.
Комментариев нет:
Отправить комментарий